È stata fondata, nel dicembre del 1939, da don Giovanni Rossi (Parigi, 19 febbraio 1887 – Assisi, 27 ottobre 1975) con un gruppo di laici suoi collaboratori. La nascita di quest'Associazione affonda le sue radici nella riscoperta dell'impegno laicale in una società nella quale il laico timidamente si affacciava alla vita ecclesiale. Don Rossi, sacerdote milanese già segretario del cardinal Ferrari, arcivescovo di Milano, proveniva dall'esperienza della Compagnia San Paolo, da lui fondata nel 1920; lo spirito dell'Apostolo delle genti animerà anche questa nuova fondazione la cui finalità è chiara fin dagli inizi: annunciare Gesù Cristo e il suo messaggio. Ciò avviene sia attraverso una evangelizzazione diretta, sia con un'opera di mediazione culturale. Nascono via via nel tempo una serie di iniziative: il quindicinale "Rocca", la "Cittadella Editrice", i Corsi di Studi Cristiani e l'idea di una Cittadella che, secondo il fondatore, doveva "offrire un ambiente di cultura, di vita spirituale, di serenità, di bontà che avvicini gli uomini a Dio". In essa "l'Osservatorio cristiano" sorge come centro di documentazione multimediale sulla figura di Cristo (Galleria d'Arte Contemporanea, Biblioteca e Fonoteca). I membri della Pro Civitate Christiana fanno delle Beatitudini evangeliche il loro ideale. Essi esprimono in due modi diversi e complementari la loro scelta di vita: i "Volontari", vivendo i carismi della comunità e del celibato, nella condivisione dei beni, per testimoniare l'avvento del Regno ed essere disponibili ai fratelli; i "Soci", radicandosi più profondamente nell'ambiente familiare e sociale in cui vivono, per essere "lievito nella massa". La Pro Civitate Christiana è riconosciuta come persona giuridica dallo stato italiano.